分析：A、根據分子、原子的定義來解答該題；
B、原子失去電子后帶正電荷；
C、原子和離子相互轉化時質子數不變；
D、構成物質的基本微粒有分子、原子和離子．
解答：解：A、原子是化學變化中的最小粒子，分子的保持物質化學性質的一種粒子；故A錯誤；
B、原子失去電子后帶上正電荷，變成陽離子，故B錯誤；
C、鈉原子的質子數等于鈉離子的質子數，因為原子變成離子后質子數不變，故C錯誤；
D、分子、原子和離子都可以直接構成物質，它們是構成物質的三種基本微粒，故D正確．
故選D．
點評：熟練掌握分子、原子的定義及性質，能夠運用分子的性質來解釋常見的現象，知道構成物質的基本微粒有：分子、原子和離子．
