D
分析：分子和原子的本質區別是在化學變化中，分子可以分成原子，而原子不能再分；分子和原子的聯系是：分子和原子都可以直接構成物質，而且一切分子都是有原子構成的．
解答：A、雖然分子是由原子構成的，但分子不一定比原子大，故A錯誤；
B、分子和原子都是構成物質的粒子，都在不停的運動著，故B錯誤；
C、分子和原子都可以構成物質，故C錯誤；
D、分子和原子的本質區別就是在化學變化中，分子可以分成原子，而原子不能再分，故D正確；
故選D．
點評：本題難度不大，主要考查了分子和原子的本質區別和聯系，從而培養學生對知識的理解和應用．
